Одним з пріоритетів розвитку університету є забезпечення системи якості вищої освіти. Наказом ректора від 10.04.2018 р. № 131 у Запорізькому національному університеті створено робочу групу з удосконалення внутрішньої системи забезпечення якості вищої освіти та передбачено низку процедур, механізмів і нормативно-правових актів у цій царині.